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在町田的住宅区附近，由于大块地盘的下沉而产生了巨大的“洞穴”。与此同时，发生了悲惨且不可思议的杀人事件，住宅区的185户人家全部被杀害了，而事件的线索却怎么也找不到。在这件事的背后，与被称为谜之老人和“多鲁杰”箱子的遗物有着一丝联系。
过了五年……近未来——东京。表面上是座巨大的都市，但暗中已经进化成了一座犯罪都市。在町田惨剧中生存下来的申道兰丸，为了了解事情的真相而成为了一名警察。随后，新的事件在涉谷又发生了。似乎是麻药中毒患者闹的事，但是申道和警察们在现场看到的并不那么简单，那不是人类而是怪物。对于这件事，特殊机动搜查队二课，特殊公安部，通称“特公”的队员，六条樱他们来到了现场。他们竟然不用*和警棒，而是用太刀处理了怪物。
不久申道得知，还有两年日本就将面临毁灭的危机。为了击退从“洞穴”中产生的怪物，申道将要直面他那悲惨的命运。
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